首都医科大学口腔科学系成立于2003年。2002年11月，首都医科大学成为首批教育部国家生命科学与技术人才培养基地之一后，于2003年10月以北京市重点学科为基础，由首都医科大学口腔医学院牵头，广泛整合首都医科大学附属医院的口腔科资源，成立了首都医科大学口腔科学系。目前，首都医科大学口腔科学系是由首都医科大学口腔医学院和宣武医院、友谊医院、朝阳医院、同仁医院、安贞医院、复兴医院、儿童医院等七所临床医院的口腔科共同组成，是依托首都医科大学、广泛整合首都医科大学系统内口腔医学资源的实体机构，是集医疗、教学、科研、预防为一体的口腔临床高级人才培养基地。其任务是在首都医科大学的统一领导下，以专科学系的组织形式，开展口腔临床高级专门人才培养和追求学术目标的学科建设工作。
