医院始建于1981年4月，医院占地面积20000㎡，建筑面积23600㎡。核定床位300张，实际开放300张。开始名称为“青海省精神病医院”，1987年4月更名为“青海省精神卫生防治院”，2000年增挂“青海省第三人民医院”牌子；1994年4月经省卫生厅批准成立了“青海省药物依赖治疗（戒毒）中心”，主要收治吸毒患者和酒精依赖患者；1999年8月经省卫生厅批准成立了“青海省心理咨询中心”，是青海省唯一一家医学心理卫生机构，2001年9月，被青海省医疗机构评审委员会评为三级甲等精神病医院，是省市两级医疗保险定点医院；是住院医师规范化培训基地、精神科医师转岗培训定点医院。2004年11月被省卫生厅评审为省级医学特色专科；2007年5月，被全国残疾人康复工作办公室评为中国残联专项彩票公益金残疾人康复项目先进集体；2008年5月，被青海省人民政府残疾人工作委员会授予“残疾人之家”荣誉称号。2013年12月，我院被青海省人民政府残疾人工作委员会授予“全省扶残助残先进集体”荣誉称号。2014年1月，我院被国家人社部等4部委授予“玉树地震灾后恢复重建先进集体”荣誉称号。
  医院精神科、心理科、心理测验科为省级重点学科，成立心身医学科、儿童精神科、老年精神科、中医精神科 和精神科ICU病房；打造情绪障碍品牌门诊和重点实验室。增设针灸、儿童康复等12个诊疗科目。推进心身医学联 络会诊、妇女精神病学、癫痫精神障碍、精神病药理学等亚学科的发展。   医院科室25个：纪检监察室、院党委办公室、院办公室、组织人事科、医教科（医保办）、质量控制办、审计室、招标采购办、信息科、财价科、护理部、一疗区、二疗区、三疗区、四疗区、五疗区、六疗区、心理科、康复科、药械科、功检科（放射）、检验科、保卫科、后勤服务中心、社会精神卫生防治康复科.   主要业务范围：精神病科、药物依赖治疗（戒毒）、心理咨询与心理治疗、神经症科、综合门诊服务、精神病 康复治疗。另外，还承担着全省的精神病学司法鉴定和精神残疾以及精神病人劳动能力鉴定工作。2019年医院门诊量73850，住院量2735，治愈好转率98.5%，患者满意度89.1%。 主要特色医疗设备：脑电图、脑电地形图、脑电超慢涨落分析仪、数字化脑电监控系统、生物反馈治疗仪、音乐、体育治疗设施、系列心理测验设施等。
  医院服务理念：坚持“以人为本、全心全意为患者服务”，“社会效益第一、经济效益第二”。