南京市职业病防治院前身为南京市职业病防治所，初建于1972年，后更名为南京市疾病预防控制中心金山医院；2012年，经南京市编制委员会、南京市卫生局批准，组建成立南京市职业病防治院，重点承担实施全市职业病防治计划，开展职业病监测与职业健康风险评估，开展职业健康检查、职业病诊治、职业病防治宣传教育和科学研究等，为非营利性职业病防治机构，也是我市医疗保险、工伤保险定点机构。目前具有尘肺、职业中毒、物理和生物因素所致职业病、职业性皮肤病、职业性眼病、职业性放射性疾病等多项职业病诊断资质，为我市职业病诊断鉴定委员会办公地点。同时具有职业健康检查专业资质，承担我市粉尘作业、化学物作业、放射性作业、生物因素作业、物理因素作业等特殊从业人员及电工、压力容器、高处作业、机动车驾驶等高危职业劳动者的职业健康检查与防护任务。
