南京半山医院始建于1927年的国民政府军部队医院，1960年更名为海军指挥学院南京半山医院，在中央领导、军委和海军领导的直接关怀下，经过近一个世纪的开拓与发展，已建设成为一所集医疗、教学、科研为一体的现代化海军医院，该院以癫痫为重点发展科室。
南京半山医院坐落于南京市玄武区后宰门54中学对面,是面向全国，为军内外患者提供医疗技术服务的专业医疗机构。首批纳入南京市“大病统筹”定点医院，首批确认为国家医疗保险定点医院。医院曾连续三年获得“全军优质服务白求恩杯”，连续五年被评为“为部队服务先进医院”。
