我们的睡眠周期依序是由入睡期、浅睡期、熟睡期、深睡期，最后进入「快速动眼期」(做梦期)。睡眠瘫痪主要是提早出现快速动眼期的关系，导致在快速动眼期的阶段协调不一致。事实上快速动眼期的阶段，身体本质上是呈现出休息状态，而且和大脑的连结信号也暂时中断，这是一种防御措施，这样人体就不会将梦境实现在真实的生活里，例如梦见打人时，就不会真的付诸行动而对枕边人拳打脚踢。
当睡眠神经瘫痪时，大脑却从睡眠休息中复苏过来，来不及和身体重新连结，使人发生半睡半醒状态，梦境与实现互相交错，导致身体与大脑发生不协调情况。此时全身肌肉张力最低，所以会造成自己想要起来，却起不来;想用力，却使不出力的状况。
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