常见的并发症为脑血栓、脑脓肿及感染性心内膜炎等。
1、脑血管意外：多发神经在2岁以下的患儿，由于血细胞比容增高，血液粘滞度增高，易导致脑血栓形成和脑栓塞，特别是因某些因素引起患儿脱水时，更易出现。脑栓塞时，患儿表现为突然意识障碍或偏瘫。
2、脑脓肿多发生与2岁以上的患儿。可能是静脉血中有被细菌感染的栓子，由分流部位直接循环至主动脉而进入脑部;或因血液粘滞度增高，引起脑血管血栓形成，然后感染而形成脑脓肿;又或由于脑血流减少，使脑组织缺氧引起局灶性脑组织软化并继发感染。患儿表现为发热、头痛、呕吐、嗜睡、还有抽搐、偏瘫等定位体征。
3、感染性心内膜炎发生部位多在肺动脉总干分叉处，多见于心脏手术后的患儿，病死率较高。当患儿有不可解释的发热时，应该考虑有感染性心内膜炎。
4、出血倾向TOFD的患儿常有血小板减少或凝血机制异常，引起出血。
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