1.肾盂癌 可有肾积水，尿路造影显示出肾盂充盈缺损与肾脏真菌感染有相似之处。但肾盂癌病人多有全程性、无痛性肉眼血尿，易通过B超、CT检查发现肾盂内占位病变。输尿管镜、膀胱镜检查可见肾盂肿瘤以及膀胱种植的肿瘤。
2.急性肾盂肾炎 亦有发热、腰痛、血尿等临床表现，但无消耗性疾病史，无尿“真菌球”病史。尿沉渣涂片和尿培养可发现致病细菌，但无真菌丝和真菌生长。
3.泌尿系阴性结石 真菌感染时，因尿中排出白色真菌块引起急性输尿管梗阻，而导致肾绞痛发作，有时易误认为泌尿系阴性结石。但尿沉渣中不能查见假菌丝及孢子，有时可查到尿盐结晶。B超检查可见结石强光团伴声影。如能收集到真菌球，做病理检查可明确诊断。
4.慢性膀胱炎 有反复发作的膀胱刺激症状，与真菌性膀胱炎有相似之处。但尿液中一般无白色块状物漂浮或沉淀，尿沉渣镜检仅看到白细胞、脓细胞或红细胞，无真菌孢子和菌丝。中段尿培养有非特异性细菌生长。依此可加以鉴别。
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