一、脑脊液 压力增高，外观透明或微诨浊。白细胞计数呈轻至中度增高（20～700）×10/L），偶可达5000×10/L，且以淋巴细胞增多为主。蛋白含量增高（0.4g～1g/L），偶可很高。糖及氯化物含量降低。
脑脊液涂片墨汁染色或/和脑脊液细胞玻片离心沉淀法的姬姆萨、瑞氏复合染色片上，多可查到成堆的球形隐球菌，部分隐球菌还可见芽孢生长。前法的菌体荚膜（不着色）呈亮光状，后者的菌体深蓝色和荚膜呈毛刺状（见下图）；脑脊液隐球菌培养多呈阳性，可为临床病因确诊提供依据。
二、免疫学检查 血及脑脊液乳酸凝集试验和酶联免疫吸咐试验的隐球菌抗原阳性率较高，可为本病的病因确诊提供帮助。
三、影象学检查 颅脑CT或MRI等影像学检查提示脑水肿、脑积水和脑的局灶性异常。脑实质内肉芽肿在MRI检查中可表现为T1等或略低信号和T2明显高信号改变。
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